Des chercheurs du projet BMGF participent au renforcement de capacité sur la mNGS (métagénomique par séquençage de nouvelle génération) et l’utilisation CZ ID pour l’analyse bio-informatique à San Francisco.
La formation sur la mNGS (métagénomique par séquençage de nouvelle génération) et l'utilisation de CZ ID pour l'analyse bioinformatique s'est tenue au Chan Zuckenberg Biohub à San Francisco, Californie, du 17 juin au 03 juillet 2023. Des participants de différents pays y ont assisté, notamment le Dr Amoikon Tiemélé Laurent-Simon, assistant de recherche au Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d'Ivoire (CSRS), et le Dr Diplo Tchepe Flore Bernadette, chercheure associée à l'Institut Pasteur de Côte d'Ivoire (IPCI).
La première semaine de formation a été consacrée aux activités de laboratoire. Ces activités ont été marquées par trois cours théoriques. Le premier portait sur la manière de progresser dans un laboratoire de biologie moléculaire, et sur l'utilisation et l'utilité des billes SPRI (Immobilisation réversible en phase solide) dans les manipulations de mNGS. Le second portait sur la conception d'un plan d'étude pour une analyse métagénomique, de la collecte des échantillons à la préparation de la librairie, avec un accent particulier sur l'élimination des acides nucléiques humains dans les échantillons d'acides nucléiques totaux extraits du LCR. Et le dernier sur la technologie Illumina (principes de base).
La partie pratique du wet lab a consisté à éliminer les acides nucléiques humain des extraits d’acides nucléiques issus du LCR, à faire un nettoyage des échantillons d’ARN avec les billes SPRI, à réaliser la librairie d’ARN, à nettoyer la librairie des dimères d’amorces, à combiner la librairie en un pool si les quantités de librairies sont faibles par échantillon, à faire une sélection de taille à partir des billes SPRI, à constituer une solution de billes SPRI à partir de poudre de bille SPRI à la concentration souhaitée, à réaliser une amplification Kappa, à charger la librairie sur un séquençeur illumina Miseq et le contrôle qualité (QC) des librairies à partir des appareils Tapestation et fragment analyzer, par électrophorèse sur gel d’agarose et par Qubit. Des séances d’analyses des résultats obtenus ont été réalisées à la fin de chaque activité pratique.
La semaine d’après, du 26 au 30 juin, a été consacrée aux analyses bioinformatiques. Ces activités ont été marquées par l’introduction à l’utilisation de la plateforme CZ ID https://czid.org , à la préparation des métadonnées, au démultiplexage des séquences issues de la plateforme Illumina à partir de BaseSpace https://basespace.illumina.com, au chargement des séquences sur CZ ID, l’interprétation des résultats obtenus et à la recherche des AMR (gènes de résistance aux antibiotiques). Enfin, un échange sur l’ONT (technologie Oxford Nanopore) a été réalisé entre le formateur et les participants en présentiel et en ligne via Zoom.
En plus de ces journées de formation, l'équipe de Côte d'Ivoire, chaleureusement accueillie par CZB, a été présentée officiellement aux différents scientifiques et étudiants présents, et a rencontré le Président de CZB, le Professeur Joe DeRisi, le Dr Paul Lebel et son équipe de bioingénieurs, le Dr Abigail Glascock et le Professeur John Park. Lors de sa présentation à l'ensemble des participants, le Dr Amoikon a également eu l'occasion de parler du CSRS et de ses activités, de l'équipe de recherche dirigée par le Dr Diallo Kanny, investigateur principal du projet BMGF pour lequel la formation a été organisée, et du projet BMGF.
"Les objectifs de la formation ont été atteints. Les formateurs ont réaffirmé leur disponibilité en cas d'incompréhension ou d'inquiétude. Nous avons rencontré des scientifiques avec lesquels nous pourrions collaborer. Les échantillons de LCR restants seront séquencés et les séquences seront partagées avec l'équipe en vue de poursuivre la formation sur l'analyse bioinformatique, mais cette fois-ci en ligne", déclare le Dr Amoikon Tiemele Simon. Ainsi, des réactifs et 3 portoirs magnétiques seront envoyés par la CZB à l'équipe ivoirienne.
